Greenplum中的外部表(gpfdist和gpload)

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简介

外部表是greenplum的一种数据表,它与普通表不同的地方是:外部表是用来访问存储在greenplum数据库之外的数据。如普通表一样,可使用SQL对外部表进行查询和插入操作。外部表主要用于Greenplum数据的导入及导出

1、外部表允许用户像访问标准数据库表一样的访问外部表。
2、结合GP的并行文件分配程序(gpfdist),外部表支持在装载和卸载数据时全并行化利用所有segment实例的资源。
3、GP还可以利用Hadoop分布式文件系统的并行架构来访问文件。

GP提供了两种类型的外部表:

  • 可读外部表:用于数据装载,不允许对数据进行修改。
  • 可写外部表:用于数据卸载,从数据库表中选择记录并输出到文件、命令管道或其他的可执行程序,包括并行MapRuduce计算。只允许INSERT操作。

按照数据源不同,分为两种可读外部表:
常规的:访问静态的平面文件。
WEB:访问动态数据源(比如wen服务或者OS的命令或者脚本)
在创建外部表定义时,必须指定文件格式和文件位置。

外部文件格式:

  • TEXT类型对所有协议有效。
  • 逗号分隔的CSV对于gpfdist和file协议有效
  • 自定义格式适合于gphdfs

外部表中的错误数据:为了在装载正确格式的记录时隔离错误数据,需要在定义外部表时使用单条记录出错处理

外部表备份恢复:在备份或者恢复操作中,仅仅外部表或者WEB外部表的定义会备份或恢复。

定义外部表–使用GP并行文件服务(gpfdist)
为最大化系统带宽而运行gpfdist要考虑的因素:
·关于gpfdist的设置与性能
如果ETL主机配置了多个网口,应将说有网口对应的主机名在LOCATION子句中声明。
在ETL主机上运行多个gpfdist并将外部数据均匀的拆分到各gpfdist服务。

创建单文件服务的可读外部表,文件格式为竖线(|)分割:

创建多文件服务的可读外部表,文件格式为竖线(|)分割:

带有错误数据日志的多文件服务:

查看错误日志:

创建可写外部表:(用于数据导出)

使用select from 来访问外部表
装载全部数据到一个新的数据表

创建和使用WEB外部表
查询优化器不允许重复扫描WEB表的数据
使用CREATE EXTERNAL WEB TABLE 创建GP的WEB表
WEB外部表的定义有两种形式
WEB URL
使用http://协议指定WEB服务器上文件的LOCATION;
该WEB数据文件必须在GP segment可以访问的WEB服务上;
URL的数量将对应并行访问WEB表的segment实例

例如:

OS命令
在一个或者多个segment上指定执行SHELL命令或者脚本,输出结果作为WEB表访问的数据;
使用EXECUTE子句定义的外部表,将在指定的多个segment主机上执行指定的SHELL命令或者脚本;
注意限制执行WEB表命令的segment实例数量。
命令或程序必须放置到所有segment主机上
命令是从数据库执行而不是从登陆的SHELL
例如:

外部表创建和使用

Greenplum数据库在创建一个外部表时,需要声明外部数据的LOCATION和FORMAT。LOCATION指定外部数据URL,包含外部数据读写协议;FORMAT指定外部数据格式,如TEXT、CSV等,greenplum会根据指定的格式,实现外部数据和数据库内部tuple的转换。

创建外部表之后,可以与操作普通表一样,对其进行select、insert等操作。

外部表分为可读外部表可写外部表,可读外部表可以执行select 操作,对可写外部表只能执行insert操作,不能对其进行update和delete。

可读外部表

创建可读外部表时声明READABLE,或者直接使用缺省值。数据源可以是文件,gpfdist 进程(后面介绍),或者可执行程序。例如:

上面的例子从多个位置的文件创建一个可读外部表ext_expenses。

  • LOCATION 指定外部数据URL, 数据源地址是’file://filehost/data/international/’, ‘file://filehost/data/regional/’, ‘file://filehost/data/supplement/*.csv’ (其中file是外部数据读写协议, filehost是文件所在的机器hostname)。
  • FORMAT指定外部数据格式是csv。

可读外部表创建成功后,可以使用select做查询操作。比如从外部表ext_expenses查询上述外部数据源(文件)中所有amount大于10000的记录:

例如:

可写外部表

创建可写外部表时需要声明WRITABLE。数据可以写入到gpfdist或者可执行程序,不支持写入本地文件。例:

上面的例子创建了一个输出到gpfdist的可写外部表sales_out。

  • sales是greenplum数据库中的一个普通表,作为外部表sales_out的内部数据源。
  • LOCATION指定外部数据URL,通过gpfdist进程将数据写入sales.out文件。
  • FORMAT指定外部数据格式是text。

可写外部表创建成功后,可以使用insert从greenplum数据库中导出数据。比如将sales表中customer_id=123的数据写入上述的sales.out文件:

外部数据表读写实现机制

这一节介绍外部表的不同类型的数据源,以及数据读写的实现机制。

外部表的数据源可分为四类:

  • File,本地文件
  • Execute,外部可执行程序
  • Gpfdist,实现了gp_proto协议的http server
  • Custom,预留的用于扩展外部表的存储类型接口

Greenplum实现读写各种类型数据源的代码在src/backend/access/external目录下。其中url.c 是外部表数据读写的入口,url_file.c、url_execute.c、url_curl.c、url_custom.c实现了url.c中的接口,分别读写本地文件、外部可执行程序、gpfdist进程(http server)、扩展的外部数据存储类型的数据。

url.c对外的方法如下:

  • url_fopen(): 打开外部数据文件
  • url_fclose():关闭外部数据文件
  • url_feof():判断外部数据文件是否结尾
  • url_ferror():获取外部文件操作错误信息
  • url_fread():读取外部文件
  • url_fwrite():写外部文件
  • url_flush():flush外部文件

2.1 file

file类型的外部数据URL格式是:file://host/path

URL中file指明了数据读写协议,host在下文执行计划部分会讲到。

file 类型的外部数据只支持读取,不支持写入。读取时不仅可以读一个文件,也可以读取多个文件,例如file://filehost/data/international/*。

2.2 execute

execute类型的外部数据URL格式是:EXECUTE ‘/var/load_scripts/get_log_data.sh’

其中execute指明了数据读写协议,/var/load_scripts/get_log_data.sh指定可执行程序。

execute类型不仅支持读取外部数据,同时也支持写入外部数据。

Greenplum外部表通过执行定义的外部执行程序:例如get_log_data.sh,和管道实现execute类型数据的读写。读外部数据:将程序的标准输出作为数据来源;向外部写数据:将外部程序的标准输入作为数据表中的数据。

2.3 gpfdist

gpfdist是greenplum数据库的并行文件分发程序。代码在src/bin/gpfdist/下。

启动gpfdist进程的命令如下:

其中-d /tmp/test指定了gpfdist的工作目录,-p 8081是gpfdist进程的端口号。

gpfdist进程管理的文件在工作目录/tmp/test下。client向gpfdist 进程发出读请求时,设置要读取文件的path,则可以读取到/tmp/test/path的文件。例如/tmp/test下有两个目录d1,d2,client要读取d1下的文件,则需要设置path=/d1。

gpfdist的主要功能是实现了并行分发文件。当多个client同时读取同一文件,gpfdist不会把文件内容整体发送给每个client,而是把文件进行切分,每个client只得到文件中的一部分。例如有n 个client 同时向gpfdist进程发送读取同一path下文件的请求, path下全部文件大小是nmblock_size,gpfdist首先从文件中读出n 个数据块分发给这n个client,每个client处理完读取到的数据块后,可以再次向gpfdist发送读数据请求,直到gpfdist 管理的path下的文件被全部读完为止。当client是greenplum的segment时,可以实现segments对外部数据的并行处理。

gpfdist中有一个session的概念。session管理一组并发读或写同一目录文件的request。Session维护request列表,记录文件读取的offset,维护文件的读取状态,用于实现文件的读写分发。

Session处理相关的函数如下:

  • session_attach(): 把一个request加入到一个session中
  • session_detach():把request从session中删除
  • session_end(): 结束一个session,把session打开的文件关闭
  • session_free():删除session
  • session_get_block():session读取path下文件一个block数据
  • sessions_cleanup():清理过期session

gpfdist怎么判断client的request请求应该属于哪个session呢?

对于greenplum数据库来说,用户在执行查询或者插入语句的时候,segments会并行地向gpfdist进程发请求(可以看后面的查询计划部分),所以属于同一个transaction的request应该放到同一个session中,但同一个transaction中可以包含多条SQL命令,存在两条SQL需要访问同一个外部表的可能;同一条SQL中也可能不止一次扫描外部表,因此gpfdist定义了每个session的key:

transactionId + commandId + scanNo + path

  • transactionId: 事务号
  • commandId: 属于同一个事务的SQL 命令编号
  • scanNo: 一条SQL命令的plan对外部表扫描的编号

request中有这几个参数,可以据此判断出该request属于哪个session。

Gpfdist是基于libevent实现的,处理一个读request的步骤如下:

  1. doAccept: 得到一个request请求

  2. do_read_request:解析处理一个request请求

  3. attach_session:request加入到对应的session中

  4. handle_get_request or handle_post_request:根据request是get还是post调用对应的处理函数

  5. do_write: 如果是get请求则调用do_write方法,do_write 首先调用sesson_get_block读取数据,然后向client发送该数据

  6. 如果是post 的请求,则在handle_post_request 中调用fstream_write,把数据写入文件

  7. request_end: 结束request

  8. session_detach/session_end: 把request从session中删除

外部数据转换

上一节介绍了greenplum数据库怎么读写各种类型的外部数据,本节介绍greenplum数据库怎么转换外部数据

数据转换的代码在src/backend/access/external/fileam.c

Greenplum数据库对外部数据只有selectinsert两种操作。Select操作是读取外部数据每次获取一个tuple(数据表中的一行数据)。Insert 操作是每次向外部写入一个tuple。外部表读取外部数据的时候是按照数据块读取的,那么select和insert时需要把外部数据块再进行分割处理,转换成一个一个的tuple。这一过程的实现方法是fileam.c中的externalgettup 。

外部数据的格式多种多样,目前greenplum数据库默认支持csv和text。其他格式的数据也是支持的,但是需要用户自己写把数据块转换成tuple的formatter。

外部表查询计划

在解读查询计划之前,先简单了解一下greenplum数据库的架构,如下图所示:

img

Greeplum数据库是由一个master节点和多个segment节点组成的。Master负责接收查询请求。数据分布在多个segment节点上,每个segment只存储数据表的一部分数据。Master接收请求后,生成查询计划,然后把查询计划分发给每个segment;多个segment并发地执行查询计划,并把查询结果发送给master;由master汇总结果,返回给client。

下面分别描述普通表和外部表的查询计划,并介绍不同类型外部表的的数据分配方式。

4.1 普通表的查询计划

expenses 是一个普通表,查询计划分为两步:

第一步,每个segment上expenses表执行seq scan(扫描表)。

第二步,每个segment把得到的数据发送给master (Gather Motion)

4.2 外部表的查询计划

ext_expenses 是一个外部表,查询计划同样分为两步:

第一步,每个segment上对ext_expenses 外部表执行external scan(扫描表)。

第二步,每个segment把得到的数据发送给master (Gather Motion)和普通表的查询计划一样,数据也是通过每个segment 上做数据扫描获取,只是把seq scan换成了extenral scan。那么每个segment怎么知道external scan 需要扫描的是哪些外部数据文件呢?

在生成查询计划时,master会为每个segment分配它需要读取的外部数据文件。不同类型的外部表数据分配方式不同。

1)file

会根据filehost分配外部表数据文件。如果segment的host和filehost相同,则filehost的数据文件由该segment处理。每个filehost的数据只能最多被一个segment读取(多个segment可能在同一个host上)。

2)execute

可以指定在master上,或者全部segment上,或者部分segment上执行命令获取外部数据。

3) gpfdist

如果有m个gpfdist,n个segment, 要求m<=n

则 n个segment对应的gpfdist是:1,2,3,…m,1,2,3,…m…n%m

第1,m+1, 2m+1… segment 并行读写同一个gpfdist。

可以设置gp_external_max_segs,限制每个gpfdist最多被多少个segment读取。

如果m*gp_external_max_segs < n,那么某些segment将无外部数据可读。

img

外部表的事务

Greenplum数据库基于mvcc实现事务的隔离,使用Write-Ahead Logging (WAL) 把事务的redo 操作记录到xlog中,实现事务的持久化和一致性。在greenplum数据库普通表中,每个tuple都记录有xin,xmax信息,是实现mvcc必须的字段。外部表与普通表不同:

  1. 对于可读外部表,数据中没有事务相关的xmin,xmax字段。因此在scan外部数据的时候不需要关心数据的可见性,直接把外部的数据返回给执行器即可。

  2. 对于可写外部表,写到外部的数据不能包含xmin,xmax等相关字段,所以无法实现事务隔离等功能。因此,对可写外部表做insert操作的时候,不会分配transctionId。可写外部表没有事务的功能,无法做回滚操作,也不会对外部表的操作记录xlog。

使用可读外部表加载数据

可读外部表通常用于向greenplum数据库加载数据:

假设normal_table是greenplum数据库中的一个普通表, external_table是一个外部表。加载数据的过程分为三步:

  1. 扫描外部表,获取tuple。

  2. 根据normal_table的distribution key,对external table 中的tuple进行hash,并redistribute 到对应的segment上。

  3. 把tuple插入到该segment普通数据表中。

基于外部表的功能,Greenplum实现了许多ETL工具,比如gpload 和gpss。

在使用外部表向数据库导入数据的时候,默认如果数据中任何一行包含错误,则整个导入数据的SQL就会失败,整个导入数据的insert transaction会回滚,不会有任何数据插入到目标表。

需要放宽这一限制,可以在创建外部表时定义SEGMENT REJECT LIMIT 。当扫描外部表遇到错误的时候,只要错误行数小于SEGMENT REJECT LIMIT的值,则继续扫描外部表且继续执行数据加载。SEGMENT REJECT LIMIT 是对每个segment节点生效的,每个segment节点上单独计算错误行数。当任意一个segment 节点上的错误行数达到SEGMENT REJECT LIMIT,则SQL执行失败。

EXTERNAL TABLE语法

描述

有关外部表的详细信息,请参阅Greenplum数据库管理员指南中的“使用外部表”。

CREATE EXTERNAL TABLE或CREATE EXTERNAL WEB TABLE在Greenplum数据库中创建一个新的可读外部表定义。 可读的外部表通常用于快速并行数据加载。 定义外部表后,您可以使用SQL命令直接(或并行)查询其数据。 例如,您可以选择,联接或排序外部表数据。 您也可以为外部表创建视图。 可读外部表上不允许DML操作(UPDATE,INSERT,DELETE或TRUNCATE),并且您不能在可读外部表上创建索引。

CREATE WRITABLE EXTERNAL TABLE或CREATE WRITABLE EXTERNAL WEB TABLE在Greenplum数据库中创建新的可写外部表定义。 可写的外部表通常用于将数据库中的数据卸载到一组文件或命名管道中。 可写的外部Web表也可以用于将数据输出到可执行程序。 可写的外部表也可以用作Greenplum并行MapReduce计算的输出目标。 一旦定义了可写外部表,就可以从数据库表中选择数据并将其插入可写外部表中。 可写的外部表仅允许INSERT操作 – 不允许执行SELECT,UPDATE,DELETE或TRUNCATE。

常规外部表和外部Web表之间的主要区别在于它们的数据源。 常规可读的外部表访问静态平面文件,而外部Web表访问动态数据源 - 在Web服务器上或通过执行OS命令或脚本。

参数

READABLE | WRITABLE

指定外部表的类型,默认为可读。 可读的外部表用于将数据加载到Greenplum数据库中。 可写的外部表用于卸载数据。

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小麦苗

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